Az EU Önerő Alappal kapcsolatos döntéshozó első fokon az NFÜ lesz, a jogorvoslati feladatokat és a kifogáskezelést a Miniszterelnökség látja el.
Azok a kedvezményezettek, akiknek nincs elbírálás alatt EU önerő-kérelmük, ez év október 31-ig benyújthatnak új kérelmet az idei év november hónapjára ütemezett elszámolásaik EU önerő-támogatására, vagy a 2014. év hónapjaiban benyújtani tervezett elszámolásaik támogatására (2014-re a pályázás az EMIR-felület szükségszerű fejlesztése miatt előreláthatólag 2013. december 1-től lesz lehetséges). Projektenként egyszerre csak egy EU önerő-kérelem benyújtására van lehetőség. Az EU önerő-támogatások az adott év hónapjaira vonatkozóan, az év utolsó napjáig történő felhasználással kerülnek megítélésre.
A derogációval érintett projektek számára nyitva áll az Ávr. által biztosított halasztott önerő-fizetés lehetősége* – azaz a Támogatási Szerződésben megítélt támogatási összeg erejéig az elszámolások 100 %-a fizethető ebből a támogatási összegből önerő biztosítása nélkül – amennyiben még a halasztott önerő fizetési projektstádiumban vannak. Ebben az esetben az önerő-támogatás helyett jelenleg a halasztott önerő-fizetés igénybevételére lesz lehetőségük.
Nem részesülhetnek támogatásban továbbá az ivóvízminőség-javító beruházások önkormányzati, illetve önkormányzati társulási kedvezményezettek önerő-kérelmei sem, mivel a BM Önerő Alap részükre 100%-os mértékű önerő-támogatást tud nyújtani.
*Ávr.- az államháztartási törvény végrehajtásáról szóló 368/2011. (XII. 31.) Korm. rendelet 96.§ (4) bekezdés d) és j) pontja